医院经过68年的发展，学科综合实力领先，专科临床诊治特色突出，目前共设50个临床专业医技科室，拥有一大批国家级和省部级重点学科。国家临床重点专科：新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、小儿外科、临床护理。卫生部临床学科重点专业：新生儿、外科、心血管、传染病。国家级项目办：新生儿先天性心脏病国家级项目管理办公室。上海市重中之重临床中心：儿科疾病临床医学中心。上海市重中之重重点学科：儿科、小儿外科。上海市医学重点学科：新生儿。上海市临床中心：小儿外科疑难重症临床医学中心；新生儿会诊抢救中心；新生儿先天性心脏病筛查诊治中心；上海市遗传代谢病筛查诊治中心。上海市临床重点专科：儿科学。上海市医学领先专业：呼吸急救。上海市公共卫生重点发展专业：小儿传染病。上海市临床质控中心：上海市儿科临床质控中心，上海市新生儿临床质量控制中心，上海市新生儿先天性心脏病筛查质控指导中心。2017年，根据国家儿童医学中心功能定位，设立6个以学科群为特征的临床中心：儿科疑难危重症、新生儿、出生缺陷、传染感染和免疫、血液和肿瘤、儿童保健和康复。