中医科成立于1956年，第一任主任为原上海市十大名医之一顾文华老中医；1987年，随后由徐迪三老中医接任中医科第二任主任；1990年，时毓民教授担任中医科第三任主任和中西医结合研究室主任；2000年，俞建教授担任第四任中医科主任，副主任为沈雅娟副主任医师；2005年汪永红主任接任中医科副主任。 60年代中-70年代初，党和政府号召西医学习中医，儿科医院许多高年资西医均接受过顾文华、徐迪三老中医的中医基础知识培训。目前，儿科医院许多有名的老教授在内科、外科等领域还运用当时所学的中医知识中西医结合治疗病儿。时毓民教授后来走上中西医结合的道路，成为第二届、第六届全国名老中医专家学术经验继承班导师，上海市名中医，上海市中医领军人才导师，2017年国家中医药管理局批准成立时毓民名老中医传承工作室。蔡德培教授成为全国知名的中西医结合小儿内分泌专家。医院注重团队建设和人才培养，培养了大批接班人，俞建教授为十二五上海市中医领军人才、十三五上海市中医领军人才共同导师、汪永红主任获评第三批全国名老中医专家学术经验继承工作优秀继承人。

60年代，中医科与西医合作，开设中西医结合肾脏病门诊，制定小儿肾病综合征不同阶段的中医治疗原则和方案，研究出一系列的院内制剂，2006年中医科与肾病风湿科合作，成立中西医结合病区，联合查房、门诊和科研。70年代，又联合西医，开设消化疾病门诊，按照小儿消化系统疾病不同证侯，辨证制订了消化系列方，应用于临床，获得良好效果。80年代初 儿童性早熟：八十年代初已故老中医顾文华教授在全国首先提出儿童性早熟的中医病机在于“肾阴虚，相火旺”，采用滋阴泻火中药为主治疗儿童性早熟，经过时毓民、蔡德培领衔的研究小组的不断努力和改进下，制订出一整套治疗小儿性早熟的中西医结合方案，研制出系列治疗性早熟的方剂，如儿早丸、早熟1号、早熟2号等，临床治疗小儿性早熟获得良好疗效。1987年在全国首先开设性早熟专科门诊，1995年，被上海市卫生局批准为特色门诊；2001年，经过全市性的擂台，荣获上海市中医特色专科， 2004年6月通过优秀专科鉴定并挂牌。2004年治疗性早熟的系列方案“调整性早熟儿童青春发育进程和改善骨骼发育的中药制剂”申请了国家发明专利。近十年承担及完成了国家自然基金10余项，卫生部、上海市多项科研课题，成果先后获2001年、2005年、2007年获上海市科技进步奖、中国中西医结合学会科技进步奖，2010年作为主要参与者之一，获国家科技进步二等奖，2010年开始创建上海市达标中医科项目，2011年中医科获评国家临床重点专科-中医儿科。

90年代初，中医科又开始开设厌食专科，采用中医辨证和针灸（刺四缝）相结合的方法治疗小儿厌食等消化系统疾病。遗尿专科采用中药为主，中西医结合的方法诊疗遗尿患儿。2000年，开设青春期月经病门诊，采用中西医结合的方法，进行青春期月经病的诊疗。2001年与肾脏科、泌尿科联合成立复旦大学附属儿科医院遗尿诊疗中心。消化专科门诊采用中西医结合的方法治疗小儿慢性腹泻、胃窦炎等。 2001年，“补肾中药调整性早熟儿童青春发育进程和改善骨骼发育的作用及机理”获上海市科技进步二等奖。 2004年，“调整性早熟儿童青春发育进程和改善骨骼发育的中药制剂”（2004-RY01-193）获国家发明专利。2006年，与肾病风湿科联合，挂牌成立上海唯一的中西医结合儿科肾病病区。2007年，“儿童性早熟中医药临床干预、诊疗规范及机理研究”获中西医结合学会科技进步二等奖。2011年，进入上海市达标中医科建设。2011年 获评卫生部-国家临床重点专科-中医儿科 ，中医儿科相关疾病协作组组长身份，牵头“小儿性早熟”、“小儿汗证”等诊疗方案、指南及临床路径建设，并在医、教、研诸方面取得相应的成绩。 2017年，开设小儿针推外治门诊，推广针刺、敷贴等外治疗法治疗小儿常见病以及杂病。 2017/2018年，中药分期论治方案治疗儿童哮喘的随机对照研究获上海市中西医结合科技进步二等奖、中国中西医结合学会科学技术奖三等奖。 2021年起，进入上海市中西医结合旗舰医院、复旦儿科医联体网络全覆盖项目建设，期间开始增设小儿中医肥胖症门诊、中医多动抽动门诊等专病门诊；俞建主任当选第七批全国老中医药专家学术经验指导老师，孙雯等为第一批学术继承人。 2022年起，俞建主任担任中国中西医结合学会儿科专业委员会主任委员，成为中国中西医结合学会儿科专业委员会主委单位，指导、引领全国中西医结合儿科的发展。