作为上海市唯一的儿童新冠感染定点收治医疗机构，截至5月27日，复旦儿科医院共收治50名境内外确诊患儿，已全部治愈出院。

抗疫严峻形势下，疑难重症攻关丝毫未停，从肝、肾、心脏移植到危重新生儿救治，医护人员以高度敬业精神和精湛技艺勇攀亚洲儿科医学高峰。1月底儿科医院、中山医院联手抢救心脏移植手术患儿成功；2月收治1例胸腹联体双胎合并心脏畸形患儿，3月24日连体婴成功分离，4月顺利出院；4月21日，华山医院、儿科医院接力为9月龄肝功能衰竭患儿实施肝移植，目前患儿已出院，各项肝功能指标恢复正常；制定“新生儿新冠病毒感染防控预案”，疫情期间坚持开展危重症新生儿转运救治200余例，大多数已痊愈出院。 
作为立足亚洲一流的国家儿童医学中心，复旦儿科医院多年来构建了扎实的专科专病诊疗体系，实现“人无我有、人有我优、人优我特”。“平战结合”理念已融入日常诊疗中，非典后新建了独立的传染病大楼，危重医学、呼吸科等辅助部门同步发展，随时可以拉出一支传染病诊治队伍，相关科室也能迅速投入治疗。疫情甫一到来，医院全面梳理院感、临床、人员、物资、实验室五大板块管理制度与流程，第一时间做好调整。“诊疗体系+安全体系”相辅相成，确保疑难危重症救治和疫情防控保障同步有条不紊进行。
疫情以来，儿科医院已发表相关论文50余篇，涉及新冠肺炎患儿救治、病房管理规范、疑难重症管理等；制作系列视频，向武汉、厦门、海南同行输出经验；举办多场直播，传授防控措施、感染救治、物资调配做法；并与市教委共同制定复学操作指南。