1952年4月17日，经华东军政委卫生部批准，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院和中山医院儿科合并建成上海第一医学院儿科学院，并于1955年6月1日更名为上海第一医学院附属儿科医院，后随上海第一医学院更名再次更名为上海医科大学附属儿科医院。最初以位于肇嘉浜路西门妇孺医院分院（妇产科医院）为院址，首任院长由陈翠贞教授担任。1953年，经上级拨款142.84万元在枫林桥新建一所崭新的儿科医院，并于1954年7月迁入使用，地址为枫林路183号。

　　建院之初主要以诊治儿童内科疾病为主，在开设内科门急诊及病房的同时，设立放射、药剂、化验室等辅助科室。床位仅80张，工作人员不过百人，其中医生24人，护士49人。1952年门急诊2万3千多人次，至年底每日门急诊病人迅速增至200人次以上，病床发展到120张。与儿科医院同时成立的上海第一医学院医学系儿科教研室，主要负责上海第一医学院医学系的儿科学本科生的教学工作。1953年由金汉珍教授等开始组建成立新生儿专业，并开设专业病房，从收治小婴儿着手，提高诊治水平，同年成立血液专业，后又成立血液专科门诊。1953年起增加卫生系、药学系等专业的儿科学教学工作。1954年由陈翠贞教授牵头成立传染科并设置隔离病房，为诊治传染性疾病创造了条件。为了提高整体治疗水平，1954年成立营养室，开发各种乳类食品如脱脂奶、酸奶等以及创建人乳库等，保证新生婴儿的营养食品。随之，儿童保健科于1955年成立，从地段儿童保健和教学做起，首先在国内建立评价生长发育婴儿的体格五线图，受到国内同行的好评并推广使用。在此基础上，医院学科发展迅速，同年相继开设中医门诊及病房，并将应用中医中药治疗小儿肺炎、肝炎、乙型脑炎、水痘、麻疹等，取得良好的疗效，获得病家的信任。由于门急诊病人的成倍上升，业务工作的不断发展，原有的床位不能满足需求，病床扩展到190张。1955年上海第一医学院成立儿科学系（1960年撤消），承担起儿科学的基础、临床及小儿传染病等教学工作，并自编讲义和教材，共培养毕业生181名。根据专业发展的需要，1956年，心血管疾病的诊治工作取得突破性进展，在国内首先开展了心导管及心电图等小儿先心病及心律失常的临床诊断工作，并开展一系列心导管介入疗法。并完成国内第一本《小儿先天性心脏病》专著，心血管造影及染料稀释曲线等新技术的应用，使诊断正确率达98%，同期我院的心脏病理亦处于国内领先，并于1957年组建心血管专业病房。随后，口腔、针灸、推拿、理疗等专业相继成立，并先后开设肾炎、结核病、风湿性心脏病、先天性心脏病、肝炎等专科门诊，为医院业务领域的扩展奠定了基础。教学方面在保证医院儿科教学任务的同时，教研组分出约一半师资支援重庆医学院建设儿童医院的工作。小儿外科专业于1958年7月1日由金百祥教授等组建成立，同时建立小儿外科门诊、病房、手术室、麻醉室。起初只能解决小儿外科常见病的诊治和内科病人的会诊，一年后顺利施行第1例疝气修补手术，接着又开展阑尾切除、肠套迭复位、睾丸固定等手术。随着学科的发展，自60年代初，小儿外科已能全面地开展小儿普外科、新生儿外科、泌尿外科与骨科的常见手术，完成了大量危重急难病儿的诊疗任务，对新生儿肠闭锁、先天性巨结肠、肛门直肠畸形、胆总管囊肿、肾盂积水、输尿管异位开口、尿道下裂、髋关节脱位、儿麻后遗症等有儿童特有疾病的诊治达到了国内同期先进水平。1958年起医院的检验部门在原有项目的基础上又开展了生化、细菌、病毒、遗传、病理等临床实验室，并且每个专业都配备一名内科医生，使辅助部门与临床科室联系更加密切，检验质量有了明显提高。1958年在开展中毒性菌痢、先天性愚型、小儿血液病等方面研究工作的基础上，开始培养医学研究生。期间，招收培养医学研究生8名。医院的科研工作伴随着医疗工作而不断发展，可追溯到1958年，当时虽然条件十分艰苦，设备也很简陋，医务人员以当时的检验科为研究基地，开展了中毒性菌痢、先天性愚型、小儿血液病等方面临床及基础的研究。

　　1958~1960年之间，上海市正面临中毒性菌痢、乙型脑炎、脊髓灰质炎、麻疹等小儿传染病大流行，其中麻疹约有50万小儿患病，病死率高达10%以上，刘湘云教授等医务人员全力以赴投入救治工作，而且及时总结抢救麻疹的经验，后编著了“麻疹”一书公开出版发行。之后，医院与上海市防疫站及上海生物制品所共同着力于研究麻疹减毒活疫苗，于60年代初开始临床应用。在诊治脊髓灰质炎中，中西医结合抢救治疗，总结论文多篇，并协助上海及全国生物制品所共同研制脊髓灰质炎减毒活疫苗，试制成功后于60年代初试用于临床，总结论文于1964年在第二届亚洲儿科会议上发表，属发展中国家自制脊髓灰质炎疫苗的领先者。1962年成立血液实验室并配有2名专职技术员，使实验室有了专业分工，大大提高了工作效率。建院10周年时床位扩至300张。

　　1966年起“文革”十年动乱期间，医院的正常医疗秩序受到一定程度的干扰。教学工作虽然受到很大冲击和破坏，但儿科医院广大职工仍然以很高的热情完成了繁重的医疗、科研、三年制学生的儿科教学工作。1974-1978年开展“开门办学”，当时上海第一医学院在江西省宜春地区设立教学点，招收2届3年制学生，完成儿科学教学任务。

　　“文革”后期，尤其是粉碎“四人帮”后，内科领域的专业不断扩大，在新生儿、血液、心血管的基础上，先后又成立肾脏、传染病、脾虚（消化）等专业组，70年代小儿外科开始开展心胸外科、泌尿外科、骨科等专业手术。随着改革开放，学科发展迅速。由于肿瘤病人就诊增多，医院逐步开展手术、化疗、放疗、免疫治疗、中西医结合等综合治疗，提高了肿瘤的疗效，改变了对恶性肿瘤束手无策的局面，并于1989年成立小儿肿瘤外科专业。从建院开始至1976年间，共发表科研论文97篇，其中58篇发表在《中华儿科杂志》上。

　　1978年随着业务的发展呼吸、神经内科学组成立，内科领域不断得到扩展。1978年恢复研究生教育工作后，开始招收研究生。1979年7月，经卫生部批准，成立儿科研究所，逐步建立生化、免疫、病毒、细胞形态学、分子生物学、呼吸、传染病研究等实验室以及动物实验室和中心仪器室。八十年代初由中央卫生部投资近四百万元建造的8640平方米高层内科、传染科大楼拔地而起，它是上海改革开放后第一批500幢高层建筑之一。他的建成为缓解医院业务发展的压力，改善病人住院条件起到很大的作用。80年9月病床增至330张。1981年国家拨款和自筹相结全，一座五层2000多平米集图书馆、电化教学、行政、教研为一体的综合楼建成，为广大医务人员提供了良好的学习条件和环境。1981年医院被国务院批准为儿科学硕士学位授权点，1984年首批被批准为博士学位授权点。

　　党的十一届三中全会以来，医院恢复了正常的医、教、研秩序。为了更好的发展特色专业，体现各专业的综合优势，使一些特殊专业得到进一步发展，将传染病专业、急救专业从内科中分离，分别于1983年成立传染科，1984年成立急救专业。小儿急救专业在国内率先采用气管插管机械通气抢救小儿呼吸衰竭，训练和培养监护室医师护士进行呼衰病孩的气道护理，以及应用心电呼吸监护仪对危重病孩进行监护，提高了重危病人抢救成功率，使病死率降至6％以下。1988年成立内分泌专业，使单一的内科发展为10个专业组及专业病房。八十年代医院承担国家“七五”攻关课题4项，国家自然科学基金2项，省部级和上海市卫生局课题33项。以新生儿疾病、小儿肾脏疾病的研究和儿童保健方面的研究工作为主，并先后获得卫生部科技进步奖11项，上海市科技成果奖10项。

　　1989年在上海市儿科系统中率先实施信息网络建设，全院实施微机网络管理，使医院图书馆信息管理走向自动化、现代化管理轨道。1990年医院引进了第一台CAS－10A/100A心血管造影响仪，以及同位素室GZA伽玛照相机。

　　1992年7月在宁寿葆教授等共同努力下，将心胸外科从外科分出，与心内科，联合心电图室、超声心动图室等辅助科室组建心小儿心血管中心。1996年拆除了原两层楼使用面积300平方米的教学用房，新建总面积4300平方米的“医疗综合楼”，1997年7月竣工，耗资约799万元。大楼一楼为外宾接待室、外宾会议室、多功能教室及可容纳近二百人的国际标准小型演讲厅，主要用于医院各类学术活动、内外宾接待活动、社会公益等活动。二楼是改造后的外宾病房不仅适应当时上海国际化大都市外宾儿童医疗服务的需求，也为医院赢得了声誉和经济效益。三楼、四楼是两个外科病区，为整个外科多病种学科的开拓发展奠定了扎实的基础。五楼是心血管中心，包括胸外科病房、监护室、心内科病房等用房。六楼是手术室，医院所有住院病人的手术在这里完成。

　　上海第一医学院儿科学系（教研室）1985-1990年更名为上海医科大学医学系儿科学教研室，1990-2000年更名为上海医科大学中山临床学院儿科教研室。1997年经教育部批准设立临床医学博士后流动站（儿科学组）。儿科教研组一直承担医科大学的医学系、护理系等不同专业学生的五年制和七年制教学工作，并从此开始接受博士后研究人员进站工作。1998年与华山医院手外科合作，增设臂丛神经损伤诊治病房，后又与华山医院神经外科合作，正式收治小儿颅脑外伤和肿瘤患者。1999年本着将“以人为本”的理念贯彻到为民服务的实际行动上，开始尝试“母子病房”的运作。2000年在获得罕见的联体婴儿分离手术成功后，创医院历史先河。

　　2000年4月，上海医科大学与复旦大学合并，医院更名为复旦大学医学院附属儿科医院。上海医科大学中山临床学院儿科教研室更名为复旦大学医学院儿科教研室。2001年2月，复旦大学医学院建制撤消，医院再度更名为复旦大学附属儿科医院。复旦大学医学院儿科教研室2002年3月更名为复旦大学医学院儿科学系。2005年7月更名为复旦大学上海医学院儿科学系。复旦大学上海医学院儿科学系设在儿科医院，承担研究生、本科生、进修生等教学任务，儿科学获上海市和教育部精品课程。儿科学系为国家重点学科和“211”重点学科。儿科学系主要由复旦大学附属儿科医院儿科学各专业组成，同时还包括复旦大学其它附属医院的儿科专业。儿科学系办公室设在复旦大学附属儿科医院，桂永浩教授任儿科学系主任，副主任为陈超主任。2001年，医院不仅继续保留儿科学全国重点学科地位，同时小儿外科获得“上海市小儿外科疑难危重症临床医学中心”重点建设项目，这是外科发展史上的重要机遇。

　　2002年11月，新医院项目被国家计委正式立项，并基本落实经费的来源。医院的规模由330张增加到450张床位，占地160亩，总建筑面积为62000m2 ，投资总额4.5亿元，其中国家和上海市各出1亿，卫生部3000万元，复旦大学从学科建设投入2000万元，土地置换3000万元，医院自酬3000万元。

　　2003年4月“SARS”（非典）爆发，医院作为上海市儿童唯一一家儿童防治“SARS”（非典）的定点医院。同年，医院以“小儿外科疑难临床医学中心”建设为契机，初步建立起急诊~ICU~手术室快速转运急救系统，为危重病人赢得时间；不断完善小儿微创手术技术，创立“小儿微创中心”。

　　2004年9月28日， “复旦大学附属儿科医院新院建设项目”在上海市闵行区顾戴路万源路正式开工奠基。

　　2007年4月1日起，为了适应新医院的运转模式，将急诊从门急诊分离，纳入急救科管理，形成国际接轨的急救专业管理新模式；新生儿科、骨科分别从内科和外科分离，独立建制；眼科与耳鼻喉科合并为眼耳鼻喉科。2008年2月29日，坐落于闵行区万源路399号的新医院经过将近4年的建设正式启用，医院主体从枫林路搬迁至新医院，原址保留普通内科门诊服务功能，以满足周边病人的需求。新医院占地153亩，Ⅰ期建筑面积8万多平方米。

　　2008年，我院获卫生部儿科学亚专科医师培训试点基地，完成了住院医师规范化培养实施细则的修订工作，尝试接受全国住院医师来院进行规范化培训工作，培训为3年，首批招录了4名住院医师。2009年4月，上海市儿科临床质量控制中心经市卫生局正式批准，挂靠复旦大学附属儿科医院，中心主任由桂永浩教授担任，并实行主任负责、专家管理的模式，对全市儿科医疗机构的临床诊疗服务进行全面规范、质量控制和督促指导。进入新世纪，医院对外学术交流和合作快速发展，努力构建儿科医学国际交流的桥梁。共接待外宾500多批，新增印度、丹麦、荷兰等共计1200多人次。2011年7月复旦大学医学院对儿科学系主任进行了调整，因工作关系，由黄国英教授接任桂永浩教授儿科学系的主任职务。

　　2012年医院迎来建院60周年，医院开展六十周年院庆系列活动，并且顺利通过三甲医院等级复评审、医疗质量万里行、文明单位评审等检查。根据厦门市政府与复旦大学“市校共建”项目要求，2013年12月19日正式与厦门市卫生局签署协议委托管理厦门市儿童医院，加挂第二名称“复旦大学附属儿科医院厦门分院”。

　　2014年医院牵头联合其他8家复旦大学附属医院，发起组建复旦儿科医疗联合体。2014年上半年完成申报国家级住院医师规范化培训基地，并通过审核，儿科、儿外科基地成为第一批获得认定的国家级住院医师培训基地，并且我院儿科基地也是中山医院全科基地的协同单位、麻醉科为中山医院麻醉基地的协同单位。2014年儿科专科医师的培训工作面临重大改革。经过上半年度儿科专业委员会的多次论证与研讨，启动儿科专科医师亚专科培训与基地申报。组织12个内科亚专科科室及儿外科进行基地申报工作，并于7月获得认证，目前我院为上海市认定儿科专科医师培训医院，设有儿科亚专科基地12个、普儿科专科基地1个、儿外科专科基地1个。国家临床重点专科是医院医疗技术能力和服务水平的反应，在拥有5个国家临床重点专科，分别是新生儿科、新生儿重点实验室、小儿消化、重症医学科、中医科的基础上，2014年，我院小儿外科和临床护理也获批成立国家临床重点专科。

　　2015年5月26日，国家卫计委下发《国家卫生计生委关于复旦大学附属儿科医院扩建工程可行性研究报告（代项目建议书）的批复》（国卫规划函[2015]161号），同意我院扩建工程可行性研究报告，我院扩建工程正式立项。2015年11月，科研楼正式竣工，总建筑面积1.515万平方米（其中地下一层，地上九层）。

　　2016年，复旦儿科医疗联合体向纵深推进，完成与松江、青浦、金山、徐汇、闵行五个区签约成立上海南片区儿科医联体。8月7日，复旦大学附属儿科医院儿科临床遗传中心正式揭牌。临床遗传中心的成立，将促进我院在临床遗传疾病的病因研究、分子基因诊断、临床干预治疗和三级预防等方面取得更大进步，为降低我国的出生缺陷率、提高人口素质做出新的贡献。2017年1月获批成为国家儿童医学中心。医院入选复旦大学“双一流”学科建设项目，“1125”人才工程计划获得突破性成果。

　　2018年5月，全国首家儿科协同中心--“国家远程医疗与互联网医学中心”在我院挂牌，远程医疗覆盖全国31个省市4400余家医院，实现远程会诊、远程手术直播、远程查房、远程教学、远程科研等多维度工作模式。罕见疑难危重症诊治中心初见成效：2018年医院被上海市卫健委授予首批以神经、内分泌遗传代谢、免疫为特色的“罕见病专科门诊”，标志着医院罕见病诊治工作迈入新的征程。孤独症社区早期筛查及转诊体系已覆盖本市徐汇、闵行、长宁等区，通过转诊绿色通道使得孤独症患儿能得到尽早的康复治疗。这一模式目前正在向其他省市推广并得到国际认可，相关经验总结发表于孤独症的国际权威杂志《Autism Research》。我院首创的新生儿先天性心脏病双指标筛查法在本市成功复制推广后， 7月30日，国家卫健委在北京正式启动“新生儿先天性心脏病筛查”项目，标志着该项成果进入全国范围的推广阶段，“复旦儿科方案”正式成为“中国标准”。8月9日，海南省妇幼健康联合体签约仪式暨沪粤琼儿科高峰学术论坛在复旦大学附属儿科医院海南分院（海南省儿童医院）召开。海南省儿童医院当天全面投入运营。海南省儿童医院是海南省第一家三级甲等儿童医院，也是继厦门儿童医院之后我院全面托管的第二家三级儿童专科医院。2019年，复旦大学附属儿科医院昆山分院于6月1日正式挂牌。我院与安徽省人民政府合作建设国家儿童区域医疗中心—“复旦大学附属儿科医院安徽医院”。共同完成《国家儿童区域医疗中心试点建设方案》制定，并启动复旦大学附属儿科医院安徽医院执行院长、副院长(兼项目主任)院内招聘工作。

　　2020年1月19日，我院收治本市首例儿童新冠病例，成为本市抗疫战线的前沿阵地。3月23日，上海市公共卫生中心儿科病房收治第一例输入病例，我院派出首批医疗队进驻，开启“双线抗疫”模式。4月30日，我院正式获批互联网医院牌照，成立复旦大学附属儿科医院互联网医院，并分批开通多个在线复诊服务科室，造福更多患者。6月28日，我院与上海星晨儿童医院（复旦大学附属儿科医院新虹桥分院）举行了委托管理签约仪式。9月8日，全国抗击新冠肺炎疫情表彰大会在北京人民大会堂隆重举行。我院荣获全国抗击新冠肺炎疫情先进集体，曾玫主任荣获全国抗击新冠肺炎疫情先进个人。10月18日，复旦大学附属儿科医院启东分院正式揭牌。江苏省启东市妇幼保健院挂牌复旦大学附属儿科医院启东分院，成为复旦儿科“一体两翼多中心”发展蓝图中的重要组成部分，也是我院服务国家战略、推动长三角医疗卫生健康事业一体化融合发展的又一个里程碑。10月13日至10月15日，上海市卫生健康委员会、上海市医院综合评价（评审）中心组织专家团对我院进行了为期三天的上海市三级专科医院复评审工作。我院顺利通过上海市三级甲等专科医院复评审暨大型医院巡查。

　　2021年，我院作为儿童新冠肺炎定点收治单位，承担本市儿童新冠确诊病例的救治工作。派驻金山医疗队医生26人次，护士128人次，累计收治新型冠状病毒感染确诊患儿161例，治愈出院151例。实现疫情期间就诊患儿和医务人员零感染。2021年2月25日上午，全国脱贫攻坚总结表彰大会在北京人民大会堂隆重举行。第四批上海援青干部、复旦大学附属儿科医院临床免疫科副主任孙金峤教授荣获“全国脱贫攻坚先进个人”光荣称号。

　　2022年上半年，医院“三舱联动”，承担“大上海保卫战”的儿童新冠确诊病例救治工作。319名儿科人进驻上海市公卫临床中心、仁济南院和本部定点院中区隔离病房，累计收治新型冠状病毒感染确诊患儿2127例，包括3例危重型患儿，1例重型患儿，构筑起救治新冠儿童的坚强堡垒。医院积极响应上级号召，38位儿科人奔赴三亚、重庆、成都等地支援新冠病毒感染医疗救治和核酸检测工作。4月17日是复旦大学附属儿科医院建院70周年院庆日。上午9时，院领导和职能部门来到门诊广场，为儿科医院院庆70周年雕塑揭幕。在上海市教卫党委“大师”系列校园剧项目的支持下，创编大师剧——《永不凋谢的百合花——纪念复旦儿科首任院长陈翠贞教授》，与重庆医科大学附属儿科医院共同举行创编座谈会，并于2023年5月16日进行首演。2022年以第一/通讯作者发表英文论文481篇，其中SCI论文471篇，平均IF=6.82；中文期刊429篇。论文发表在Nature、Science、Ann Intern Med、Cell Research、Circulation等高影响力学术期刊，创历史新高。科研基金中标纵向项目81项，其中国家重点研发计划项目课题9项，国家自然科学基金27项，位居全国儿童专科医院第一，科研基金所获经费总金额9800万元。

　　2022年2月正式挂牌启动运行研究型病房。8月正式获批国家心脏移植、肝脏移植、肾脏移植的资质并成功开展2例肾移植手术。10月，我院开展首例达芬奇手术机器人辅助下肠切除肠吻合术，填补了我院既往在机器人手术领域的空白。国内协作新增或续签医院共18家。医院连续十三次蝉联全国最佳医院排行榜儿科专科声誉和综合排名第一。医院成功入选为临床营养科建设试点单位。

　　复旦大学附属儿科医院于2014年牵头成立复旦儿科医联体。9年来，医院始终根据“三平移，四统一”的发展战略，通过开展学术主任制度、双向转诊工作、优质资源下沉、基层儿科医护人员培训等方面，提升区域儿科服务能力，促进儿科分级诊疗。目前复旦儿科医联员单位共94家，其中三级医院12家，二级医院14家，社区卫生服务中心66家，社会办医疗机构2家。本着“共商、共建、共享”的合作理念与战略思想，积极响应落实国家战略，推进国家区域医疗中心建设。通过互联互通，协作提升，形成遍布31个省市，包括省级协作医院77家在内的全国协作网络。专病门诊增加至240个，罕见病门诊36个，MDT门诊增加至52个。截至2022年底，共累计推动建立126项慈善基金项目，分别针对不同疾病、学科研究、人才队伍建设等方面，覆盖医院30余个临床及职能科室，累计募集善款超过3.4亿元。医院连续十一次获得上海市文明单位，连续两次荣膺全国文明单位称号。

　　七十圈年轮，推转岁月指针，七十载春秋，铭刻铿锵步履。回望历史，我们牢记使命，以仁心暖童心，为全国广大少年儿童的健康成长保驾护航。展望来来，我们满怀懂憬，继续围绕“立足上海、服务全国、辐射亚洲、走向世界”的定位，为创建国际一流的儿童医学中心砥砺前行！