在社会各界的大力支持下，儿科医院秉承“一切为了孩子”的宗旨，2018年度大力开展慈善救助工作。
截止2018年底，全院共设立62项专项基金，涉及20余个临床专业科室，募集资金达1.7亿元人民币，资助人数8000余人次。儿科医院建立了涵盖内科、外科、新生儿、护理、康复等多个学科和领域的专项基金，帮助众多身患疾病的贫困儿童及家庭及时获得基金资助，更好地承担起医疗机构救死扶伤、治病救人的社会责任。
　　自2002年起，儿科医院积极探索，在上海市儿童健康基金会下设首项慈善帮困专项基金：儿童肾功能衰竭专项帮困基金。2015年5月，上海市儿童基金会复旦大学附属儿科医院分会正式成立。同年，首次尝试在互联网平台分别为联体婴儿和干细胞移植患儿进行大额医疗款的募集，取得成功，帮助患儿顺利完成手术，获得良好的社会效益。
　　2018年，儿科医院在前期取得的成果上，继续完善医院基金管理流程和制度，在医院OA系统科室模版中增加和完善基金管理，优化流程管理，减少医务人员和行政职能科室的运行时间和成本。积极探索儿童慈善募集的信息化路径，携手有影响力的互联网募捐平台，为儿童慈善医疗帮困资金的募集开发更多路径，为推进“精准扶贫”战略目标，营造和谐“儿科梦”、“健康梦”而继续努力。