1952年建院同时成立检验科，首任负责人为朱畅宁，最初开展检验项目以三大常规为主，以后逐步建立了免疫室、病毒室、细菌室、血库。同时检验项目增加了免疫、病毒、微生物学方面的检测，血库开展了血型鉴定及交叉配血。进入80年代,科室添置了一些半自动检验仪器，替代了部分检验项目手工操作。90年代起，科室开始添置全自动检验仪器，如全自动生化分析仪、电解质分析仪、血气分析仪、血细胞计数仪、酶标仪等，大部分检验项目均可以仪器检测。2000年后，科室仪器无论从添置的种类、自动化程度、台数上是发展最快的时期。2013年4月通过整合医院的各临床检验部门，正式成立临床检验医学中心。检验中心拥有生化室、免疫室、细菌室、病毒室、基因扩增室、临检室、血液室和血库共8个专业组室，检验项目达321项，2017年6月生化免疫流水线正式上线，标志着检验中心的硬件设施和自动化程度上升至新台阶。检验中心重视医教研的全面发展，重视学科建设，目前是上海市医学会检验分会妇儿学组组长单位，学科带头人担任国家和地区性多个学会的任职。中心是多家大学检验医学专业的实习点，是复旦大学临床实验诊断学的博士点。中心现有人员70名，始终坚持以儿童医学检验为特色，秉持“检以求真、验以求实”的准则，通过建立严格的质量保证体系，全心全意为临床和患儿提供优质的服务。2014年被评为儿科医院年度优秀科室和JCI优秀科室。