普外科自1958年复旦大学附属儿科医院成立小儿外科专业以来就是其重要核心部分。经过60年几代人的不懈努力，目前已发展成为在医教研上都具有重要影响力的小儿外科专业。2002年，获准成为上海市小儿外科疑难重症诊治中心，2013年成为小儿外科“国家临床重点专科建设”单位，2017年成为上海市小儿外科重点学科（重中之重）。连续十年荣获“全国最佳医院和最佳专科声誉排行榜”的专科排名第二名。
　　肝胆外科：为全世界最大的胆道闭锁诊治中心，年均单中心诊治病例数约200-300例。作为牵头单位，组织编写了《大陆地区胆道闭锁临床诊疗专家共识》，多次主办全国肝胆疾病学习班及胆道闭锁国际论坛；设立中国胆道闭锁协作网；开发胆道闭锁筛查识别手机软件；研发胆道闭锁基质金属蛋白酶（MMP-7）联合检测试剂盒和诊断试纸，使得胆道闭锁早期诊断准确率超过95%。每年组织“小金人”俱乐部活动，指导胆道闭锁患儿、家长进行治疗、康复。作为率先在国内开展小儿肝移植手术的科室，科室每年联合完成亲体移植手术30-50例，总体生存率超过90%。国内率先在儿童专科医院锺独立开展十二指肠镜（ERCP）操作，进行顿挫型胆管扩张症、胆总管结石、良性胆管狭窄、胆瘘、慢行胰腺炎等的治疗，正逐步成为特色技术。门静脉海绵样变（Rex分流术，脾肾分流术、断流术、套扎等）、门静脉畸形（Abernethy）的手术综合治疗等方面处于国内领先水平。
　　肛肠外科：在国内率先开展后矢状入路先天性直肠肛门畸形手术,每年完成高位直肠肛门畸形及泄殖腔畸形（一穴肛）20-40例，成功举办全国先天性肛肠畸形学习班,已形成从手术，病理诊断到肠道管理的全面诊疗体系，并积累了丰富的肛肠畸形再手术经验。先天性巨结肠及类缘病、短肠综合症STEP延长术等治疗具备一定特色。
　　微创技术：除开展传统腹腔镜治疗先天性胆管扩张症、巨结肠、高位无肛、食道裂孔疝、先天性食道狭窄等疾病的初诊治疗和再手术，也开展各种单切口腔镜技术，多人次获得全国中青年医师微创手术比赛大奖。近年来开展了内镜下手术治疗消化道畸形的新技术，开创了无创手术的新模式，如内镜下气道食道瘘夹闭术、十二指肠膈膜内镜切除术、内镜下食管括约肌切开术（POEM）、内镜下先天性肥厚性幽门狭窄（G-POEM）、急性阑尾炎内镜引流取石等均处于国内领先水平。
　　科研教学：普外科为国内最大的小儿外科住院医师及专科规范化培训基地之一，作为博士点和重点学科，每年培养许多临床和科学研究人才，并为国内、特别是中西部地区小儿外科医师队伍输送有生力量。专科拥有正高6名，博士生导师3名，硕士生导师3名，是太平洋小儿外科医师协会理事会主席单位（中国大陆唯一），中华医学会小儿外科委员会常委单位，中华医学会上海分会小儿外科委员会副主委单位，拥有《中华小儿外科杂志》与《临床小儿外科杂志》副主编，在国内外占有重要的学术地位。专科连续5次获得卫生部临床重点项目资助。本专业承担的国家自然科学基金，卫生部临床重点项目，教育部，上海市科委等科研项目共90余项，经费约1500多万元，居于全国领先水平。
　　学术成绩：依托医院分子生物实验室、复旦大学各院系及中科院实验室，开展各项研究，共获中华科技奖等国家、省部级奖18项，发明专利4项，实用新型专利3项。近5年发表论文300余篇，其中SCI收录近百篇，居于全国同行业领先水平。主编《实用新生儿外科学》，《临床小儿外科学――新进展、新理论、新技术》，《住院医师规范化培训儿外科示范案例》、《小儿外科学》（研究生及规培教材）等多部著作。