复旦大学附属儿科医院新生儿科创建于1953年（70周年），是首批国家临床重点专科，国家卫生与健康委员会妇幼司新生儿保健特色专科，全国新生儿专科医师培训基地，上海市医学重点学科，上海市危重新生儿会诊抢救中心。国家卫生与健康委员会新生儿疾病重点实验室、中国新生儿协作网（CHNN）、上海市新生儿科临床质量控制中心依托单位。在编新生儿专科医师近43名，博士生导师5名，硕士生导师4名。是我国最大的新生儿医疗中心、人才培训中心、学术交流中心、科研基地之一。曾3次获得上海市劳动模范集体和上海市五一劳动奖状等荣誉。
　　新生儿科主任：曹云
一、专科团队
　　新生儿科在岗医师护士260人，新生儿专科医师43名，其中教授（主任医师）6名，副教授（副主任医师）11名，主治医师17名，专科住院医师9名，呼吸治疗师2名，轮转培训住院医师60名，护士165名。中青年专科医师轮流去加拿大著名医院新生儿NICU接受1～3年的新生儿专科医师（clinical fellow）培训，担任独立值班，经过国际化专科医师培训，掌握先进的新生儿临床技术，具有良好的临床思维和国际视野。
二、医疗服务
　　目前新生儿科开放床位180张，目前设有3个病区，包括重症监护病房（NICU）、早产儿病房和足月儿病房，其中重症抢救单元80张。新生儿科设备齐全，监护仪180台，有创呼吸机35台，无创呼吸机50台。每年收治各类新生儿病例4000例，以危重病例、疑难病例、早产儿、先天性疾病为主，每年收治极低出生体重儿450多例，超低出生体重儿120多例。新生儿科不断开展临床新技术，开展24小时全天候的危重新生儿院前转运，开展各种呼吸治疗、吸入一氧化氮、亚低温脑保护、血液净化（CRRT）、体外膜肺氧合（ECMO）等先进救治技术，开展各种新生儿外科手术。通过多年持续质量改进提升，住院新生儿病死率明显下降，极低出生体重儿存活率达到世界先进水平。每天开设新生儿专科急诊和新生儿随访门诊。
三、科学研究
　　积极开展新生儿医学的基础和临床研究，积极开展全国性多中心临床研究。2005年建立国家卫健委新生儿疾病重点实验室，实验室有1200平方米，是我国新生儿专业的重要科研基地。主要研究领域有：胚胎源性疾病的影响因素及诊治技术与策略，早产儿发育与重要疾病防治研究，新生儿脑病精准医疗与临床转化应用研究，基于循证和免疫调节机制的新生儿感染防治策略研究。近年新生儿科共承担国家自然科学基金课题38项，其他国家级科研项目10项，国际合作项目5项、卫生部课题6项，教育部课题8项，上海市课题12项等。曾多次获得中华医学科技奖、宋庆龄儿科医学奖、上海市科技进步奖、上海市医学科技奖等。
四、人才培养
　　新生儿科是我国新生儿专科人才主要培训中心之一，是上海市和全国新生儿专科医师培训基地，为我国新生儿医学的发展起到重要作用。目前每年招收新生儿专业博士和硕士生15名，在读博士、硕士研究生50多名。2013年成为上海市新生儿专科医师培训基地，开始对外专科医师培训，2018年成为第一批全国新生儿专科医师培训基地。每年招收来自全国各地的新生儿专科进修医师110多名，短期参观学习20多名，进修护士30多名。每年举办7～8项国家级继续教育项目，接受培训学员1000多名。积极开展国际合作的新生儿专科医师培训，2004年开始与加拿大全国新生儿协作网合作，建立国际新生儿-围产医学培训项目，已为全国培养96名新生儿高级专业人才。
五、学术发展
　　积极参加国际国内学术会议和举办学术会议。1987年举办第一次全国新生儿学术会议。2007年开始每两年举办一次“上海国际新生儿医学论坛”，2019年举办第7届上海国际新生儿医学论坛，该论坛是我国最大的新生儿国际学术交流平台。2019年举办第3届亚洲新生儿医学论坛。同时还经常举办其他学术研讨会。2012年创建中国新生儿协作网（Chinese Neonatal Network），建立中国新生儿数据库平台，开展全国新生儿流行病学调查和多中心临床研究。主编我国新生儿专业的经典专著《实用新生儿学》。每年发表论文30～40篇，SCI论文15-20篇。
六、学术任职
　　新生儿科历任学科带头人和主要专家在全国相关学会担任重要职务，先后担任中华医学会围产医学分会副主任委员、中华医学会儿科分会新生儿学组组长和副组长、中国医师协会新生儿科医师分会副会长、早产儿专业委员会主任委员、上海市医学会围产医学分会主任委员、上海市医学会儿科分会副主任委员、上海市新生儿学组组长等。
七、专科门诊
　　新生儿专科急诊：每天8：00～20：00开放新生儿专科急诊，所有新生儿就诊均可挂号新生儿专科急诊。
　　新生儿随访门诊：每周一～日开放新生儿随访门诊，所有从新生儿科出院患者都可以挂号新生儿随访门诊，为新生儿疾病复诊、生长发育、营养状况、生长发育、疾病康复指导等提供便利。