新生儿外科是国内最早开展新生儿外科疾病临床诊疗与科研工作的单位之一，为小儿外科国家临床重点学科，曾是中华医学会小儿外科分会新生儿学组单位，目前也是中华医学会小儿外科分会青委副主任委员单位。经过近几十年的发展，新生儿外科依靠自身强大实力，目前已成为新生儿复杂畸形的国家诊疗中心，也是国家儿童医学中心出生缺陷诊治中心及上海市出生缺陷防治重点实验室依托科室之一。
       科室组成：目前新生外科病区有固定床位20张，周转床位10张。科室团队建设合理，共有主任医师2名，副主任医师2名，主治医师1名，博士生导师2名，硕士生导师1名，每年培养新生儿外科专科医师及研究生5-7名。
       诊疗特色：在新生儿特别是早产儿及低出生体重儿先天性食道闭锁、先天性肠闭锁、胎粪性腹膜炎、先天性直肠肛门畸形、新生儿梨状窝囊肿、新生儿巨结肠、新生儿淋巴管瘤、新生儿腹腔占位性病变、新生儿骶尾部畸胎瘤、新生儿胆总管囊肿、先天性膈疝、先天性腹裂及先天性脐膨出等畸形的临床诊治与术后并发症的再手术治疗水平处于国内领先并达到国际先进水平。目前对于短肠综合征、肠衰竭及假性肠梗阻形成了自己特色的诊治模式，多数患儿最终脱离了肠外营养。
       产前诊治：依靠自身的技术优势，并依托我院实力雄厚的新生儿重症监护室（NICU）,同时与复旦大学附属妇产科医院，上海市第一妇婴保健院，国际和平妇幼保健院等多家产科医院紧密联系，建立了上海地区完备的胎儿消化道与腹腔结构畸形产前会诊、生后转运与救治网络，形成学科交叉和卫生资源共享，并将这一成熟的多学科诊治模式成功推广至了全国，与全国多个产科建立了产前会诊及生后转移制度。平均每年收治全国及上海的产前诊断的新生儿约30-50名，大大提高了该类新生儿外科疾病救治的成功率。
       技术优势：技术创新一直是科室引领国内新生儿外科发展的巨大推动力，因而我们开展了一系列国内“首次”或“第一”的新技术。在国内率先开展后矢状入路肛门成形（PENA）术治疗先天性直肠肛门畸形；率先在国内成功开展新生儿经肛门一期巨结肠根治术（SOAVE术）；在国内首先应用延期手术的理念救治重症膈疝；在国内首先开展腹裂一期无缝修补术；国内首先开展先天性中位无肛新生儿期经骶会阴一期根治术；率先在国内开展新生儿微创手术治疗先天性食道闭锁、先天性膈疝，肠闭锁，先天性巨结肠，胆总管囊肿，腹腔占位性病变等；国内首次开展长段食道闭锁食道牵引一期吻合；国内首先报告子宫外产时处理；国内首先报道新生儿梨状窝手术；率先开展3D打印及计算机辅助成像技术实施联体婴儿复杂畸形分离手术；国内首次开展STEP肠管延长手术；国内率先建立短肠综合征/肠衰竭MDT团队，实现短肠综合征规范化诊治管理；同时也建立了建立新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）诊疗团队。
       学术成就：作为牵头单位，先后组织编写了《新生儿坏死性小肠结肠炎外科手术治疗》专家共识、《常见胎儿结构畸形产前咨询儿外科专家共识》等。此外，针对肠造瘘患儿的一种可调性腹腔脏器容纳袋获得了国家专利，并已生产上市，而且获得了第三十三届上海市优秀发明选拔赛优秀创新银奖。科室先后获国家自然科学基金资助4项，在国际及国内权威杂志发表论著50余篇，SCI收入20余篇，主编《实用新生儿外科学》，《临床小儿外科学――新进展、新理论、新技术》等多部专著。