感染传染科是卫生部临床重点学科，同时也一直是儿科医院重点学科，是卫生部唯一具有集医、教、研为一体多学科紧密合作完整保留小儿传染和感染病专业特色的学科，是国家和上海市小儿传染病、感染性疾病的监测和定点医疗单位，一直是具有全国影响力的小儿传染感染肝病专业医师和研究人员培养基地。目前有独立的传染病、感染病、肝病的门诊和住院病区，专业床位50张，诊治疾病的种类涉及法定报告传染病、各类感染性疾病以及儿童肝病。
　　本专业共有专科医师22名，85％以上具有博士、硕士学位。护士25名，其中副主任护师1名,主管护师1名，护师12名。目前教授（主任医师）3名、副教授（副主任医师）7名、主治医师8名、专业住院医师5名以及年轻博士、硕士为主的专业学术队伍，床位数50张。
　　在多次国家和上海市突发公共卫生事件中，发挥着处置儿童突发传染感染病的主导作用。无论是在应对2003年的SARS、2008年的手足口病、2009年的新型甲型H1N1流感、2011年猩红热暴发以及2013年人感染禽流感H7N9、季节性流感暴发等公共突发医疗事件中，均出色地完成了临床的救治和预防控制工作；参与各类应急及突发传染病救治决策方案的制定、会诊等工作，承担全国和上海市儿童疫苗接种异常反应和特殊儿童疫苗接种的专家咨询和指导工作，一直挥为国家小儿传染病疫情报告、传染病防控和诊治、儿童疫苗接种提供了重要的数据和建议，为儿童的健康做出了重要贡献。几十年来，传染感染的专业科研工作从重症传染病的治疗和抢救逐渐扩展到感染性腹泻病、乙肝疫苗及HBV母婴传播的阻断的研究、婴儿肝病综合征、手足口病、麻疹、流感、EV71、猩红热、重要新发和突发传染病、特殊人群疫苗接种、细菌耐药和抗生素合理使用等各个方面。2008年获得上海市公共卫生临床重点学科建设项目以及2009年卫生部儿童突发与危重传染/感染性疾病诊治基地建设项目，2017年成立国家儿童医学中心传染感染免疫中心。目前是中华医学会感染病学分会小儿感染及肝病学组组长单位、中华医学会儿科学分会感染学组组长单位及上海市医学会儿科分会感染学组组长单位、中华医学会儿科学分会预防接种委员会副主任委员单位、上海市预防医学会免疫规划委员会副主任委员单位、世界卫生组织抗生素工作组专家成员单位。
　　专业对各种儿童常见传染感染性疾病的诊治具有规范的诊疗常规，重症传染病诊疗水平及抢救成功率位于国内领先水平，重危病例抢救成功率达90％以上。儿童肝病中心成立于2005年9月，通过开展肝脏穿刺病理检查、基因检测技术和代谢性疾病的检查，首先在国内报道了进行性家族性肝内胆汁淤积症和Alagille综合征等遗传代谢性肝病病例。肝穿刺病理诊断、基因分子诊断、乙肝病毒母婴传播的防治、胆道闭锁患儿系统管理、疑难及危重儿童肝病的诊治、肝移植为本中心的特色。我院肝病中心在诊治儿童肝病方面始终和国际接轨，对各种罕见、少见、疑难肝病的诊断和治疗水平处于国内领先，为全国诊治儿童肝病的中心。
　　科研工作从重症传染病的治疗和抢救逐渐扩展到感染性腹泻病、乙肝疫苗及HBV母婴传播的阻断的研究、儿童肝病、手足口病、麻疹、流感、猩红热、新发突发传染病、细菌耐药、抗生素管理、疫苗接种的临床问题等各个方面，先后获得各类研课题51项，发表论文420篇，其中英文论著36篇，科普文章42篇。获得教育部科技进步奖、卫生部科技进步奖及上海市科技进步奖4项。先后培养博士生15名，硕士生23名，培养全国各地专科进修人员 30余名；主编或副主编《小儿肝胆系统疾病》、《感染病学》、《儿科感染病学》和卫生部规划教材全国高等学校本科临床儿科专业用书《小儿传染病学》等著作及教科书18部，参编著作38部。