儿科医院的肾脏病内科、泌尿外科是国内较早开展肾脏病和泌尿系统疾病诊治和研究工作的专业，经过几十年的不懈努力，在相关领域取得了临床诊治、科学研究等方面的可喜成果，现已成为在上海市乃至全国具有一定影响力的专科。为有利于深入开展小儿肾脏、泌尿系统疾病的全面和高水平临床和科研工作，特别是在小儿先天性泌尿系统疾病和小儿慢性肾功能衰竭等方面的综合诊治，复旦大学联合儿科医院肾脏内、外专科，放射科、核素室、超声室等辅助部门，以及上海医学院病理教研室，进行学科融合和交叉合作，整合各专业优势，于2004年成立"复旦大学小儿肾脏和泌尿系疾病诊治中心"，成为目前我国唯一的小儿肾脏和泌尿系疾病诊治中心。 "中心"拥有肾脏内科、泌尿外科、肾移植、血液净化、肾脏病理室等各个专项，并配套成立了肾脏病研究室（同时隶属复旦大学肾脏病研究所）。"中心"同时还特别注重建设一支高素质的医护队伍，在提供优秀医护质量的同时，崇尚温磬关怀的就医环境，为儿童的健康成长奉献我们最大的力量，并为成为亚洲最大的小儿肾脏病和泌尿外科中心之一而努力。