复旦大学附属儿科医院小儿外科自1999年6月开展小儿腹腔镜手术，至今已施行腹腔镜手术和其他各种微创手术数百例，并于2003年8月28日成立小儿微创外科中心。在中心接受手术的病儿年龄从出生后几天的新生儿到青春期儿童。
治疗疾病的范围包括小儿普通外科、小儿泌尿外科、新生儿外科和小儿胸心外科等专科疾病。开展手术主要包括：腹腔镜辅助先天性巨结肠根治术、诊治小儿小肠反复出血性疾病、小儿胆囊切除术、慢性腹痛腹腔镜探查、阑尾切除术、腹腔恶性肿瘤活检与分期、卵巢肿瘤切除、脾切除术、胃底折叠术、睾丸固定术、腹腔镜辅助肾盂成形术、发育不良肾或多囊肾切除术、重复肾切除术、胸腔镜肿瘤活检术等二十余种手术。其中出生10天以内新生儿腹腔镜手术，机械臂（Robot）辅助小儿腹腔镜手术、小儿气膀胱腹腔镜手术、小儿腹腔镜肾切除术为国内最先开展。中心近期将开展小儿关节镜技术。