耳鼻咽喉头颈外科创建于1996年，现已成为全国知名小儿耳鼻咽喉头颈外科诊疗中心，诊治疾病包括儿童听力障碍、儿童分泌性中耳炎、儿童鼾症（OSAHS）、儿童过敏性鼻炎，儿童急慢性鼻窦炎、鼻息肉、儿童喉部占位性病变和结构异常、以及一些先天性畸形的矫正手术。
本科拥有特色专业中心：上海市儿童听力障碍诊治中心、儿童鼻咽喉气管内镜诊治中心、儿童鼾症诊治中心（阻塞性睡眠性呼吸暂停低通气综合症OSAHS）、先天性软硬腭裂和气道结构异常诊治中心。在常见疾病及疑难杂症的诊断和评估上规范细致，诊疗策略研究等处于国内领先水平。