复旦大学附属儿科医院中西医结合儿科研究所前身为上海第一医学院儿科医院中西医结合研究室,最早成立于1985年,1986年更名为上海医科大学儿科医院中西医结合研究室,1998年改称复旦大学附属儿科医院中西医结合研究室。时毓民教授担任第一任主任，俞建教授为现任主任。30年来，儿科研究室主要从事中医肾系（儿童肾病、遗尿、性早熟、月经病）、肺系（肺炎、反复呼吸道感染、慢性咳嗽）、脾系（小儿厌食症、腹泻病、胃窦炎等）肝胆系(黄疸、婴儿肝炎综合征等)儿童常见病、多发病疾病的中西医结合诊疗及机理研究。2001年获评国家中医药管理局中医儿科2级研究室。先后承担完成了国家自然基金7个、卫生部、上海市多项科研课题，成果先后获2001年、2005年、2007年先后获上海市科技进步奖、中国中西医结合学会科技进步奖，2010年作为主要参与者之一，获国家科技进步二等奖。
　　复旦大学附属儿科医院中西医结合儿科研究所（筹）所长：俞建教授，副所长：王慧君研究员。下辖研究室：青春期医学（方向性早熟、矮小、月经病、肥胖症、糖尿病）研究室（俞建主任）、小儿肾病（方向：肾病综合征、紫癜肾、IgA肾病等）（沈茜主任）、脑病（脑瘫、孤独症等）研究室（王艺主任）。
目前研究所现有科研人员20余人，包括一批在国内外享有较高学术声誉的中西医结合专家，其中以名老中医师带徒导师——时毓民教授为代表。现有数位专家在全国性学术机构的一级学会或二级学会担任副会长或正副主任委员等职务。为了未来将中西医结合医学更好的应用于儿科疾病，儿科研究所的所有研究人员将以积极的和严谨的态度致力于中西医结合医学的传承与创新。