儿科研究所成立于1979年，是医院的科研实验平台和研究生培养的基地，主要承担支撑学科、转化研究和服务临床的重要任务，为科研项目的开展提供实验技术支撑和服务，为研究生实验研究能力的培养提供指导和帮助。
　　儿研所管理框架下拥有卫生部新生儿疾病重点实验室、上海市儿童出生缺陷防治重点实验室、复旦大学儿童发育与疾病转化医学中心和复旦大学生殖发育研究院（儿科分部），并设有分子医学中心、公共实验平台、病原学实验室、临床信息生物样本库、斑马鱼平台、小鼠动物平台、干细胞平台以及临床流行病学研究室、临床指南制作与评价中心、儿童健康与政策研究中心。目前，儿研所已经拥有一支梯队层次合理，团结奋进，朝气蓬勃，极富创新能力的科研团队。

卫生部新生儿疾病重点实验室
　　卫生部新生儿疾病重点实验室成立于2005年10月，2009年2月通过卫生部组织的专家验收。2010年底首批入选为国家临床重点专科—卫生部重点实验室建设项目。实验室主任桂永浩教授，副主任杨毅教授和陈超教授，第三届学术委员会主任为杜立中教授。
　　实验室以进一步提高我国危重新生儿的救治水平，降低病死率和伤残率为主要目标，针对在我国导致新生儿死亡和伤残的突出问题：早产、呼吸衰竭、脑损伤、重要脏器畸形、感染等开展新理论和新技术的研发和推广应用。在新生儿脑损伤的发生机制与防治及早期康复干预、肺发育与损伤、早产儿生命支持和先心及重要脏器畸形的分子机制与早期诊治等领域研究处于国内领先的地位，达到国际先进的水平。
　　实验室近5年承担国家级、省部级及国际合作研究项目80余项，研究经费近4千万。研究成果获得教育部科技进步二等奖3项，上海市科技进步二等奖1项，中华医学二等奖2项、三等奖1项，上海医学科技二等奖2项。现有正高职称人员18人，副高职称人员5人，中初级人员17人。

上海市出生缺陷防治重点实验室
　　上海市出生缺陷防治重点实验室于2013年09月由上海市科委批准筹建，是国内唯一落户于儿童专科医院专业开展出生缺陷防治的基础和临床研究的重点实验室。实验室主任黄国英教授，贺林院士为第一届学术委员会主任。实验室设立了三个主攻方向：（1）先天性心脏病发生学、早期预警与干预；（2）神经发育障碍遗传学机制与规范化诊治技术；（3）重大内脏畸形病理机制与修复重建。
　　实验室以先天性心脏病、神经发育障碍（孤独症、先天性智障、遗传性代谢病等）、重要器官脏器畸形（消化和泌尿系统畸形）等严重致死致残性疾病为重点，围绕遗传和环境交互作用的科学问题展开研究，阐明上述重大出生缺陷的病因和发生机制，研发早期诊治新技术和新策略。
　　实验室在重大出生缺陷的病因研究、分子基因诊断、临床干预治疗等方面取得了突破性进展。新生儿先心病筛查方案研究成果发表于《lancet》，是该杂志自1823年创刊以来首次刊登我国儿科学界的研究论著，标志着我国新生儿先天性心脏病筛查工作跻身国际领先水平。研究成果被上海市卫计委列入2015年推广开展的惠民项目，2016年在上海市所有助产机构都进行了推广实施；2017年受国家卫生计生委委托，负责启动全国范围内的新生儿先心病筛查方案制定，在全国推广应用。

复旦大学生殖与发育研究院儿科分部
　　复旦大学生殖与发育研究院于2014年3月正式揭牌成立，由复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院与上海市计划生育科学研究所三家单位共同筹建，是联合复旦大学校内生殖与发育相关学科的科研资源共同组建而成的跨部门、跨学科的研究机构。儿科分部主要涉及神经系统发育、神经肿瘤、Hippo信号转导通路与肿瘤发生、染色质重塑与神经发育、肠道微生物等研究方向。

复旦大学儿童发育与疾病转化医学研究中心
　　复旦大学儿童发育与疾病转化医学研究中心正式成立于2009年12月，转化医学研究中心以转化医学理念为指导，以发育生物学和出生缺陷研究为主攻方向，并致力于搭建儿科学与其他学科间的桥梁，建立稳定学科交叉合作机制，注重从临床问题到实验室研究，再从实验室新技术研发到应用于临床诊断，建设好复旦大学儿童发育与疾病转化医学科技创新平台，提升医院整体医疗水平，降低5岁以下儿童的病死率和致残率。

分子医学中心
　　复旦大学附属儿科医院分子医学中心成立于2011年，由分子诊断实验室、质谱室、细胞遗传实验室和新生儿筛查中心组成，为临床提供遗传相关疾病的检测服务。作为上海市卫生局定点的三家新生儿筛查中心之一，新生儿筛查中心承担来自十余家助产机构每年出生的约4万新生儿四项疾病的筛查。自2015年获批国家高通量测序试点实验室以来，大力开展基于二代测序的高通量检测项目，包括各专科疾病相关的panel，临床外显子以及全外显子组检测，建立了24个小时家系WES快速诊断流程，在临床疑难危重症遗传病的快速诊断中发挥了重要作用。现有临床医师4人，实验室技术员17人，并拥有一支由临床多个专科资深教授组成的专家团队对基因检测报告进行审核和解读。

公共实验平台
　　主要为全院科研项目的开展和研究生课题研究提供实验场地和技术支撑与服务，面向所有研究生及科研人员开放使用。可提供的实验技术包括常规分子生物学技术、细胞生物学技术、流式细胞检测技术和病理形态分析技术等。下设分子生物学实验室、细胞实验室、免疫组化形态学实验室、动物取材室和动物造模室。中心实验室采取开放式大实验室设计，包括64个实验台、37个研究生座位。实验室配有1间冷库及2间冰箱房用于生物样本和试剂的储存。实验室主要的大型设备包括荧光定量PCR仪、流式细胞仪、荧光化学发光仪、Leica组织形态学处理设备、荧光显微分析设备，包括具备自动扫描载物台，可进行大图片拼接的Leica 6000B，以及可进行四色荧光显微成像、免疫荧光定位、定量、三位重组和动态测量的Leica SP8设备等。 

临床信息与生物样本库
　　以复旦大学附属儿科医院丰富的临床病例资源为基础，建立了规范化的病例收集、样本处理、储存及质量控制系统，实现了生物样本的规范化收集、管理和使用。医院采用基于整体战略储备的一级库，以及基于科室和课题组需求的二级样本库，配备了一批深低温冰箱和温度监控系统，以及在线的软件录入系统，为样本收集提供便利条件和管理服务。样本库”已获人类遗传资源行政许可（国科遗办审字【2017】508号HGR-2017-7-96)。

斑马鱼研究平台
　　已建成可容纳12000条成鱼的饲育系统，可同时满足多个研究小组进行斑马鱼相关研究。平台配备了显微注射系统、动物行为记录和分析系统、高分辨率荧光显微镜等设备，也成功建立了先进的CRISPR-Cas9基因敲除、焦虑、社交等相关行为分析技术。这些建设推动了在分子、细胞和整体水平开展的发育疾病相关功能研究。
　　目前儿研所斑马鱼实验平台主要开展的项目包括：（1）斑马鱼基因敲除模型构建：基于CRISPR-Cas9技术；（2）斑马鱼转基因品系构建：基于转座酶技术；（3）基因或药物对斑马鱼运动行为特征的影响分析：神经精神系统疾病相关，运动系统相关，内分泌等相关；（4）基因突变或小分子化合物对斑马鱼形态、器官、发育等的影响及分析。

小鼠动物平台
　　已建立拥有国际水准的SPF级及IVC小鼠饲养室，可提供SPF级小鼠饲养和动物行为学检测等服务。拥有显微操作设备技术和专业动物饲养管理团队。平台配有万级净化室，并设有2间更衣室、风淋室、饲养室以及缓冲间，实行单向进出路线，并设有物品传递窗。动物房使用IVC小鼠独立通气饲养系统，科研楼5楼动物房可容纳7个笼架1512个小鼠饲养笼盒，7楼可容纳10个笼架2142个小鼠笼盒，并且各配有超净台进行各项实验操作。

干细胞平台
　　已建立包括基因编辑实验室及万级净化干细胞培养房，配备了6台生物安全柜。可进行病人来源的皮肤细胞及外周血细胞重编程诱导多能干细胞系的构建。另有专门的细胞分化房，可进行多能干细胞的体外诱导分化至神经系统细胞，内胚层细胞等。基因编辑平台：配有常规PCR、细菌培养、电转仪等仪器设备，可开展人干细胞基因编辑工作。

临床流行病学研究室
　　临床流行病学研究室成立于2011年1月，主要研究方向“儿童肥胖相关疾病遗传学研究和人群防治”，同时作为服务于临床研究的共享技术平台，为我院大型临床研究申请立项、优化研究设计、实施质控、数据管理、统计分析和发表论文提供流行病学和生物统计学专业技术支持。同时承担临床流行病学教学、科研咨询和专题讲座，不断提高我院医生、研究生的临床研究素养和能力。
　　科室擅长的专业方向和领域：（1）随机化临床试验（RCT）的全套解决方案：研究设计、注册、样本量设计、随机化分组方案、数据管理、统计分析、论文撰写支持。（2）基于真实世界病人临床数据的疗效比较分析、预后因素分析、诊断准确性分析。

临床指南制作和评价中心
　　成立于2017年4月，旨在加快落实国家儿童医学中心建设，提高儿科疾病、公共卫生领域的临床指南或专家共识等的制定。主要工作方向包括：（1）宣传、倡导和践行规范化制定临床指南；（2）审议、指导和监督中国儿科临床指南制定工作委员会成员医院提议制作的指南；（3）利用儿科临床指南制定工作委员会专家的学术影响力推广临床指南的解读和应用；（4）组织培训指南制作流程和重要环节（文献检索策略、文献评价工具、Meta分析和GRADE等）
儿童健康与政策研究中心
　　成立于2017年12月，以加快落实国家儿童医学中心建设，建立儿童健康政策研究平台为宗旨，主要开展儿童健康发展战略和管理政策、儿科医疗运行机制、儿科学科人才发展策略、互联网+儿童健康信息管理模式等儿童健康重大问题研究，为推进国家儿童医学中心建设和医院管理创新提供政策咨询和决策支持。